واحد اولّیۀ دانشگاه باقرالعلوم(ع) در پی رهنمودهای حضرت امام خمینی(ره) در سال 1363، به منظور بالا بردن سطح آگاهی ­های سیاسی طلاب در زمینه ­های جهان اسلام، ایران و روابط بین الملل شروع به کار نمود. به دنبال درک و پذیرش ضرورت تربیت محقق سیاسی، واحد فوق، اقدام به برگزاری دوره­ های آموزشی کوتاه مدت عمومی و تخصصی نمود؛ و با انجام بررسی­ های کارشناسی و اخذ نظرات استادان حوزه و دانشگاه، در سال 1364 اقدامات اولیه به منظور ثبت مؤسسه آموزش عالی باقرالعلوم(ع) را آغاز نمود.
سال 1366 با تلاش دلسوزانه مسئولان، دوره­ های آموزش سیاسی دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم به نحو منسجم ­تری شروع شد. این اقدام عملی و مؤثر با استقبال فراوان طلاب و فضلای حوزه علمیه قم مواجه گردید و دوره­ های آموزش سیاسی با برنامه ­ریزی جدیدی توسعه پیدا کرد.
این دوره ­های آموزشی که شرط اساسی پذیرش در آن اشتغال به دروس حوزوی و داشتن دیپلم متوسطه بود، بر اساس واحدهای رسمی مصوب وزارت فرهنگ و آموزش عالی و توسط استادان مجرب و اعضای هیئت علمی مدعو از حوزه ­های علمیه و دانشگاه ­های معتبر، آغاز به کار کرد.
از ابتدای تأسیس این دوره­ ها، سعی بر این بود که اعضای هیئت علمی با سابقه و متعهد از مراکز علمی حوزوی و دانشگاهی، برای همکاری در تدریس و تکمیل کادر هیئت علمی دعوت شوند. مؤسسه در این دوره موفقیت‌های چشمگیری را به دست آورد.

دوره ­های آموزش طلاب و فضلای حوزه علمیه قم در رشته علوم سیاسی، به طور منظم تا سال 1370 ادامه یافت. سپس هیئت مدیره دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم، مقدمات ثبت مؤسسه را فراهم نمود؛ که با همکاری صمیمانه وزارت محترم فرهنگ و آموزش عالی، سرانجام در جلسه مورخ 7/8/1370 موفق به کسب موافقت اصولی از شورای محترم گسترش آموزش عالی کشور شد.
شورای محترم گسترش در مورخه 21/1/1371 ضمن تصویب «مؤسسه آموزش عالی باقرالعلوم(ع)»، موافقت اصولی خود را با گسترش فعالیت­ های آموزشی و پژوهشی مؤسسه در رشته های علوم انسانی ابلاغ نمود. در پی، چارچوب سازمانی مؤسسه آموزش عالی باقرالعلوم(ع) در جلسه 3/11/1372 به تصویب رسید.

نظر به ضرورت گسترش فعالیت­های آموزشی علوم انسانی ـ اسلامی و توسعه کمی و کیفی تربیت طلاب فاضل در سال 1384 طرح اولیه تبدیل مؤسسه به دانشگاه تدوین گردید. پس از مکاتبه با وزارت علوم، تحقیقات وفن­آوری در نهایت در مورخ 13/12/1384 شورای گسترش آموزش عالی با ارتقای مؤسسه به دانشگاه باقرالعلوم(ع) موافقت نمود.

بیانیه مأموریت شکل دهنده اهداف، راهبردها و برنامه­ های عملیاتی است، و محقق شدن آن شاخصی برای چشم‌انداز دفتر می­ باشد.

کمیته کارشناسی شورای آموزشی دانشگاه و معاونت آموزش دفتر تبلیغات اسلامی، بر اساس منابع ارزش­مند و مفید زیر؛ و با دقت نظر در مباحثات و جلسات متعدد، چارچوب اولیه بیانیه مأموریت آموزشی را تدوین نموده است. امید واثق داریم این بیانیه مأموریت بتواند به عنوان یک سند معتبر گامی مؤثر در جهت مدیریت استراتژیک آموزش دفتر باشد: