هدف اصلی مدیریت نشریات دانشگاه باقرالعلوم(ع)، زمینه‌سازی برای رشد روحیه تحقیق و پژوهش در اساتید و دانشجویان و سوق دادن مطالعات و آموزش‌های علمی به سوی پژوهش‌های کاربردی است. به این منظور، چندین نشریه تخصصی در این مدیریت طراحی گردیده است تا طلبه ـ دانشجویان این دانشگاه بر طبق رسالتِ خود، فرصتی مناسب برای باز تعریفِ مفاهیم و تئوری‌های مختلف علوم انسانی بر اساس ارزش‌های فرهنگ و اندیشه اسلامی داشته باشند.

1. فصلنامه علمی ـ پژوهشی علوم سیاسی

این نشریه که در سال 1387 موفق به کسب درجه علمی، ترویجی شده است، با اهداف ذیل منتشر می‌شود:

ـ پاسخ‌گویی به نیازهای عینی جامعه در زمینه مطالعات سیاسی اسلامی؛

ـ معرفی بنیادهای نظری انقلاب اسلامی و پاسخ به چالش‌های آن؛

ـ تبیین تفکر اسلامی شیعی در عرصه اندیشه سیاسی؛

ـ تلاش برای تولید فکر و اندیشه سیاسی دینی و بومی؛

ـ ارتقای سطح علمی اساتید و تأمین منابع دروس رشته علوم سیاسی؛

ـ زمینه‌سازی برای بازیابی میراث سیاسی مسلمانان مثل فقه سیاسی، فلسفه سیاسی و کلام سیاسی؛

ـ نقد و بررسی نظریه‌ها و گرایش‌های مختلف در رشته علوم سیاسی؛

ـ فراهم آوردن زمینه انتشار و ترویج دست‌آوردهای فکری محققان و اندیشوران؛

ـ معرفی، بررسی، تحقیق و نقد اندیشه‌ها و جریان‌های سیاسی ـ فکری معاصر دنیای اسلام؛

ـ زمینه‌سازی برای تضارب آرا و همفکری محققان در حوزه مطالعات اسلامی ـ سیاسی؛

ـ کمک به ایجاد ارتباط میان مراکز آموزشی، علمی و تحقیقاتی؛ همچنین میان پژوهشگران و کارشناسان علوم سیاسی، به منظور انتقال و تبادل آموخته‌ها و تجربیات و کسب دست‌آوردهای تازه علمی.

این فصلنامه از سال 1373 فعالیت خود را آغاز کرده و در دوره جدید از سال 1377 تا 1393، 63 شماره منتشر کرده است که 15 شمارة آن به صورت ویژه‌نامه بوده است:

ـ فصلنامه علوم سیاسی در سال 1387 موفق به کسب درجه علمی ـ ترویجی گردیده است.
     - فصلنامه علوم سیاسی در سال 1390 موفق به کسب درجه علمی - پژوهشی گردیده است.
     - فصلنامه علوم سیاسی از شماره 47 دارای رتبه علمی - پژوهشی میباشد.

2. فصلنامه علمی ـ پژوهشی تاریخ اسلام

این فصلنامه با هدف ایجاد ارتباط میان مراکز آموزشی ـ علمی و تحقیقاتی و نیز پژوهشگران و کارشناسان دانشگاهی و حوزوی، به منظور انتقال و تبادل آموخته‌ها و تجربه‌ها و آگاهی از دست آوردهای جدید علمی رشته تاریخ اسلام، از سال 1379 از سوی گروه تاریخ دانشگاه فعالیت خود را آغاز نمود.

این فصلنامه، تاکنون 57 شماره خود را در موضوعات مختلف تاریخ اسلام منتشر نموده است که در بین حوزویان و دانشگاهیان با استقبال خوبی مواجه شده است و در سطح دانشگاهی نیز از نخستین فصلنامه‌های علمی ـ تخصصی در زمینه تاریخ فرهنگ و تمدن اسلامی به شمار می‌رود.
     - فصلنامه تاریخ اسلام در سال 1391 موفق به کسب درجه علمی - پژوهشی گردیده است.
     - فصلنامه تاریخ اسلام از شماره 47 دارای رتبه علمی - پژوهشی میباشد.

3. فصلنامه علمی ـ پژوهشی آئین حکمت

این فصلنامه به عنوان نشریه پژوهشی در قلمرو حکمت و کلام اسلامی به منظور پاسخگویی به نیازهای فکری جامعه اسلامی و ایجاد ارتباط میان مراکز آموزشی و تحقیقاتی و همچنین میان پژوهشگران و کارشناسان علوم عقلی به منظور انتقال و تبادل آموخته ها و تجربیات و کسب دستاوردهای تازه علمی در نیمه دوم سال 1387 توسط گروه فلسفه و کلام اسلامی راه اندازی شده است و تا کنون 19 شماره از آن به چاپ رسیده است.
     - فصلنامه آیین حکمت در سال 1392 موفق به کسب درجه علمی - پژوهشی گردیده است.
     - فصلنامه آیین حکمت از شماره 5 دارای رتبه علمی - پژوهشی میباشد.

4. فصلنامه دانشجویی فرهنگ پژوهش

فصلنامه فرهنگ پژوهش، نشریه‌ای علمی ـ دانشجویی است که در حوزه مطالعات علوم انسانی در چهار رشته علوم سیاسی، فلسفه و کلام اسلامی، علوم اجتماعی و تاریخ اسلام منتشر می‌شود. این نشریه از زمستان 1387 از سوی معاونت پژوهشی و فن‌آوری اطلاعات دانشگاه باقرالعلوم(ع) فعالیت خود را آغاز نمود و تا کنون 8 شماره از آن منتشر شده است.

5. نشریه بسیج دانشجویی ظهور

نشریات دانشجویی از مهم‌ترین عرصه‌های فعالیت دانشجویان و ایفای نقش مهم و ارزنده ایشان در عرصه اجتماع می‌باشد. در این میان نشریه ظهور، با نگاه ویژه‌ای که بسیج دانشجویی به جامعه دانشگاهی و عرصه اجتماع دارد، نقش انکارناپذیری را دارد. این نشریه در عرصه‌های مهم فرهنگی، اجتماعی، سیاسی، اقتصادی و ... مشغول به فعالیت می‌باشد. از مهم‌ترین اهداف این نشریه تأثیرگذاری مبتنی بر انسجام فکری و مهم بودن ابزار برای دستیابی به هدف است.