فعاليت‌‌هاي آموزشي و فرهنگي، محور اصلي برنامه‌‌هاي دانشگاه مي‌‌باشد. نظر به اين‌‌كه دانشگاه باقرالعلوم(ع)، نهادي واسط بين دانشگاه و حوزه‌‌هاي علميه مي‌‌باشد، برنامه‌‌هاي آموزشي خود را در جهت رفع خلاءها و نيازهاي آموزشي در عرصه رشته‌‌هاي مختلف علوم انساني و ديني در مقاطع كارشناسي، كارشناسي ارشد و دكتري گسترش داده است.

اين معاونت با شرح وظايف ذيل فعاليت مي‌‌نمايد:

1. برنامه‌‌ريزي، سازمان‌‌دهي، هدايت و نظارت بر اجراي دقيق برنامه‌‌ها، آئين‌‌نامه‌‌ها، و مقررات آموزشي و فرهنگي دانشگاه؛

2. نظارت بر كليه برنامه‌‌ها و فعاليت‌‌هاي آموزشي، فرهنگي و دانشجويي دانشگاه و ارائه پيشنهادهاي لازم به شوراي دانشگاه؛

3. برنامه‌‌ريزي و نظارت بر اجراي فعاليت‌‌ها و برنامه‌‌هاي دوره‌‌هاي تحصيلات تكميلي دانشگاه، گسترش آنها و نظارت بر حسن اجراي مقررات و آئين‌‌نامه‌‌هاي مربوط؛

4. تنظيم دستور جلسات و اداره شوراهاي تحصيلات تكميلي، آموزشي، دانشجويي و فرهنگي؛

5. نظارت و مشاركت در جهت انتخاب كادر آموزشي و فرهنگي، جذب هيئت علمي آموزشي دانشگاه، تشخيص صلاحيت علمي مدرسان و سنجش و ارزشيابي نحوه تدريس آنان؛

6. نظارت بر ارزشيابي آموزشي و پيشرفت تحصيلي دانشجويان؛

7. ارزيابي فعاليت‌‌هاي آموزشي و فرهنگي دانشگاه، به منظور بهينه سازي برنامه‌‌هاي آموزشي و فرهنگي؛

8. ايجاد ارتباط با وزارت علوم، تحقيقات و فن‌‌آوري در زمينه امور آموزشي و فرهنگي؛

9. برنامه‌‌ريزي و اجراي برنامه‌‌ها در زمينه استفاده از روش‌‌ها و تكنولوژي آموزشي نوين؛

10. همكاري در تشكيل سمينارهاي آموزشي و فراهم آوردن امكانات شركت اعضاي هيئت علمي دانشگاه در كنفرانس‌‌ها و سمينارهاي داخل و خارج؛

11. ايجاد هماهنگي بين فعاليت‌‌هاي مربوط به واحدهاي تحت نظر و اظهار نظر در خصوص رفع مشكلات موجود؛

12. برنامه ريزي در زمينه توسعه كمي و كيفي رشته‌‌هاي تحصيلي، مواد درسي، سرفصل‌‌ها و پيش نيازهاي لازم جهت ارتقاي كيفيت آموزشي؛

13. ارائه گزارش‌‌هاي دوره‌‌اي به رئيس دانشگاه در خصوص وظايف مربوط به واحدهاي زيرنظر در صورت نياز؛

14. ابلاغ سقف موظفي تدريس اعضاي هيئت علمي به مديريت‌‌هاي مربوط در هر نيمسال مطابق ضوابط و مقررات.

دروس آموزشي

نظر به اين‌‌كه دانشگاه به لحاظ آموزشي وابسته به وزارت علوم، تحقيقات و فن‌‌آوري مي‌‌باشد، كليه مواد و برنامه‌‌هاي درسي آن، مصوب در شوراي عالي برنامه‌‌ريزي وزارت علوم مي‌‌باشد. با توجه به فلسفه وجودي اين دانشگاه، با هماهنگي وزارت علوم، موادي از دروس مورد نياز طلبه دانشجويان اختصاص به دروس حوزوي دارد.

مجموع واحدهاي درسي در مقطع كارشناسي، 135 واحد و در مقطع كارشناسي ارشد، 32 واحد و در مقطع دكتري، 28 واحد به همراه پايان‌‌نامه است. دوره‌‌هاي آموزشي دانشگاه از نظر برنامه‌‌ريزي و اجرايي به گونه‌‌اي تدوين شده است كه دانشجويان به طور همزمان دروس حوزوي را نيز فرا مي‌‌گيرند. دانشجويان به لحاظ مقررات آموزشي و انضباطي، تابع مقررات و آئين‌‌نامه‌‌هاي وزارت علوم مي‌‌باشند.

 گزينش دانشجو

نظر به اهداف و بيانيه مأموريت دانشگاه، داوطلبان ورود به دانشگاه از ميان طلاب رسمي حوزه‌‌هاي علميه گزينش مي-شوند. آزمون ورودي دانشگاه، با نظارت مستقيم سازمان سنجش آموزش كشور انجام مي‌‌پذيرد.

دانشجويان پس از معرفي، از طرف سازمان سنجش، توسط اساتيد مجرب مصاحبه علمي خواهند شد.