آثار فلسفي:
آيا اثر فلسفي مدون و مكتوب يا به صورت شرح و حاشيه از آخوند به جاي مانده است؟
با ضرس قاطع اظهار نظر چنداني نمي توان كرد چرا كه اصولا مرحوم آخوند را به عنوان يك فيلسوف در حوزه ها نشناخته اند ولي برخي شاگردان آخوند از ايشان تعبير به «فيلسوف» آورده اند. به علاوه از مطاوي كتب ديگر ايشان هم مي توان برخي آراي حكمي و فلسفي محقق خراساني را فهميد.به عنوان مثال در مباحث اصولي جناب آخوند سليقه فلسفي را معمولا فراموش نمي كند. شاگرد موسوعه نگارشان آقابزرگ طهراني مي نويسد هيچ كدام از مولفين اصولي قبل از آخوند از جمله صاحب معالم، صاحب قوانين و صاحب رسائل به اندازه آخوند، فلسفه را وارد اصول نكرده اند. اصولا مذاق عقل مدارنه آخوند باعث اين كار شده و منقول است كه ايشان به فلسفه اهميت فراوان مي داده و با مخالفين فلسفه برخورد مي كرده اند.به فرزند خود آقا احمد آقازاده مي فرموده اند اگر فلسفه نداني از روايت عقيدتي شيعه چيزي نمي فهمي. در لابلاي تدريسات خود مباحث فلسفي را طرح كرده و مورد بررسي قرار مي دادند.در ساليان ابتدايي حضور در نجف اشرف به تدريس منظومه استادشان ملاهادي سبزواري و اسفار جناب ملاصدرا اقدام مي كردند و شرحي بر منظومه هم به ايشان منسوب است چنانكه تحشيه براسفار هم در فهرست آثارشان ياد شده و برخي خبر از وجود آن در كتابخانه استان قدس رضوي(ص) داده اند.داستاني را هم آقا نجفي قوچاني در رابطه با جواب دادن به چندين مسئله عويصه عقلي-فلسفي كه از شيراز رسيده ياد نموده اند كه بنده عنوان رساله را اجوبه المسائل الشيرازيه الستينيه گذارده ام. در لابلاي كفايه الاصول و آثار اصولي ديگرشان و تقريرات شاگردانشان هم مي توان مذاقان فلسفي آخوند را مشاهده كرد. حتي در برخي آثار فقهي مانند نقوض بر مسير شيخ الشريعه براي حل يك مسئله فقهي مربوط به ارث زوجه هم از طرح مسائل فلسفي امتناع ندارد(نام رساله جناب شيخ الشريعه به طور خلاصه « الابانه» است و نقوض محقق خراساني را در الصيانه شيخ الشريعه مي توان ديد).چه بسا اگر تفحص بيشتري صورت گيرد مثلا تقريرات دروس منطق و فلسفه آخوند يافت شود (يكي از شاگردان فلسفه مرحوم آخوند، آيت الله سيد احمد كربلايي تهراني است)يا با نگرش در تقريرات معارفي و اخلاقي ايشان هم به آراي فلسفي آخوند ره يافت.جواب كوتاه ايشان به سوال شاگردشان شيخ اسماعيل تائب تبريزي در مورد شعري از عطار هم بي ربط با فلسفه و معقول نيست.بخصوص بنابر بودن جواب دوم هم از آخوند. با اين حساب براي مشاهده آراي مستقل يا پراكنده محقق خراساني در زمينه فلسفه مي توان فهرست ذيل را ياد كرد( توجه شود كه مقصود ما از فلسفه همانا فلسفه بر اصطلاح متاخرين است و الا اگر فلسفه به معناي عام را مد نظر بگيريم آراي سياسي و تلگراف هاي اجتماعي آخوند و بلكه نظريات فقهي ايشان هم جزو فلسفه خواهد شد):
1-اجوبه المسائل الشيرازيه الستينيه
2-شرح منظومه
3-حاشيه براسفار ملاصدرا
4-آراي پراكنده در كتب اصولي،فقهي و نامه ها.