واحد اولّیۀ دانشگاه باقرالعلوم(ع) در پی رهنمودهای حضرت امام خمینی(ره) در سال 1363، به منظور بالا بردن سطح آگاهی­های سیاسی طلاب در زمینه­های جهان اسلام، ایران و روابط بین­الملل شروع به کار نمود. به دنبال درک و پذیرش ضرورت تربیت محقق سیاسی، واحد فوق، اقدام به برگزاری دوره­های آموزشی کوتاه مدت عمومی و تخصصی نمود؛ و با انجام بررسی­های کارشناسی و اخذ نظرات استادان حوزه و دانشگاه، در سال 1364 اقدامات اولیه به منظور ثبت مؤسسه آموزش عالی باقرالعلوم(ع) را آغاز نمود.
سال 1366 با تلاش دلسوزانه مسئولان، دوره­های آموزش سیاسی دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم به نحو منسجم­تری شروع شد. این اقدام عملی و مؤثر با استقبال فراوان طلاب و فضلای حوزه علمیه قم مواجه گردید و دوره­های آموزش سیاسی با برنامه­ریزی جدیدی توسعه پیدا کرد.
این دوره­های آموزشی که شرط اساسی پذیرش در آن اشتغال به دروس حوزوی و داشتن دیپلم متوسطه بود، بر اساس واحدهای رسمی مصوب وزارت فرهنگ و آموزش عالی و توسط استادان مجرب و اعضای هیئت علمی مدعو از حوزه­های علمیه و دانشگاه­های معتبر، آغاز به کار کرد.
از ابتدای تأسیس این دوره­ها، سعی بر این بود که اعضای هیئت علمی باسابقه و متعهد از مراکز علمی حوزوی و دانشگاهی، برای همکاری در تدریس و تکمیل کادر هیئت علمی دعوت شوند. مؤسسه در این دوره موفقیت‌های چشمگیری را به دست آورد.

دفتر تبلیغات اسلامی، نهادی است حوزوی، آموزشی و انقلابی که به فرموده مقام معظم رهبری نماد روشنفکری حوزه است. این نهاد با ایفای نقشی فعال در برقراری ارتباط میان حوزه­های علمیه و دانشگاه­ها، و نیز با توجه به داشتن درک واقع ­بینانه­ای از نیازهای دینی مردم و نظام اسلامی، به آموزش و بازسازی علوم انسانی بر اساس مبانی اسلامی و نیز تربیت نیروی انسانی انقلابی و متخصص در عرصه­های علمی، آموزشی و مدیریتی می­پردازد.
دفتر تبلیغات اسلامی برای تحقق این مهم، خود را متعهد می‌داند به: محوریت معارف قرآن و مکتب اهل بیت(علیهم السلام) و میراث گرانسنگ حوزه­های علمیه، مرزبانی فکری ـ فرهنگی از آرمان­های امام خمینی(ره) و ولایت فقیه و نظام اسلامی، روشن­فکری و آزاداندیشی دینی، آینده­نگری و نوسازی سازمانی. همچنین این دفتر سامان­دهی و اجرای فعالیت­های زیر را ضروری می­داند:
1. شناخت مستمر نیازهای نظام و اقشار مختلف، جهت هدف­مند نمودن عرضه دانش تخصصی حوزوی، دانشگاهی و مهارت­های کاربردی مورد نیاز در عرصه ملی و فراملی؛
2. ارائه آموزش­های مورد نیاز نظریه­پردازی و اندیشه­سازی در عرصه علوم و معارف اسلامی، به منظور تأمین نیازهای فکری دینی جهان معاصر؛
3. ارائه آموزش­های مورد نیاز برای تربیت نیروی انسانی متخصص در حوزه تبلیغ دینی و پژوهش­های علوم اسلامی؛
4. ارائه آموزش­های کاربردی و کوتاه مدت، و آموزش مهارت­های مورد نیاز در تبلیغ و پژوهش دینی؛
5. حضور و مشارکت در مراجع سیاست­گذاری و برنامه­ریزی آموزشی کشور، برای زمینه­سازیِ تأمین نیازهای فکری ـ دینی مخاطبان خود (مبلّغان، محققان، مدرسان، طلاب، نخبگان علمی و فرهنگی، نهادها و مؤسسات آموزشی، پژوهشی، فرهنگی و تبلیغی و خانواده­های طلاب و روحانیون)؛
6. تربیت نیروی انسانی متخصص و ماهر فرهنگی، پژوهشی، تبلیغی و آموزشی (مدیر، مدرس، محقق و مبلّغ)؛
7. ارائه آثار علمی، فرهنگی و هنری.