دانشگاه باقرالعلوم(ع) با الهام از رهنمودهای امام امت(ره)، مقام معظم رهبری(زید عزه) و با پشتیبانی دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم بنیاد نهاده شد و آموزش و پژوهش علوم انسانی دینی، به گونه‌ای که پاسخ‌گوی الزامات عصر ما باشد، به عنوان مأموریت اساسی آن قرار گرفت.
نظر به این که دانشگاه باقرالعلوم(ع) نهادی واسط بین دانشگاه و حوزه های علمیه می باشد، برنامه های آموزشی خود را در جهت رفع خلأها و نیازهای آموزشی در عرصه رشته های مختلف علوم انسانی و دینی در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری گسترش داده است.
دانشگاه باقرالعلوم(ع)، برای تربیت نیروی انسانی متعهد و کارآمد، هر ساله از میان طلاب واجد شرایط حوزه های علمیه از طریق برگزاری آزمون‌های اختصاصی و یا آزمون سراسری، دانشجو می پذیرد. نظر به اهداف و بیانیة مأموریت دانشگاه، داوطلبان ورود به دانشگاه از میان طلاب رسمی حوزه‌های علمیه گزینش می شوند.
نقش بی بدیل و حیاتی پژوهش های بنیادی و کاربردیِ مبتنی بر مبانی اسلامی (فلسفی، کلامی، فقهی و...)، در تولید علم دینی و سیاستگذاری جامع نگر و معطوف به نیازهای سیاسی، اجتماعی و فرهنگی جامعه، امری بدیهی و انکارناپذیر است.
از جمله وظایف این مدیریت : برنامه ریزی، سازماندهی، هدایت و نظارت بر تمامی امور تهذیب و امور فرهنگی و همچنین پیگیری و برگزاری جلسات سخنرانی، همایش، سمینار و نشست‌های فرهنگی، اجتماعی و سیاسی در سطح دانشگاه بر مبنای نیازهای فرهنگی دانشگاه میباشد.