1- ميرزاي نائيني
علامه ميرزا محمد حسين غروي نائيني از علماي بزرگ تاريخ اسلام است كه از خانواده اي روحاني و بنام برخاسته است.مقداري از تحصيلات را در اصفهان گذرانيده و به عراق هجرت نمود. در سامرا از محضر ميرزاي شيرازي و سيد محمد فشاركي اصفهاني بهره ها برد و سپس در نجف به آخوند خراساني پيوست.در زمان مشروطه يكي از اصلي ترين علماي مشروطه خواه- پس از آيات ثلاث خراساني، مازندراني و خليلي- ميرزاي نائيني بود. او در نوشتن برخي نامه هاي سياسي با آخوند خراساني همكاري مي كرد و مهمترين كتاب سياسي در رابطه با مشروطه "تنبيه الامه" نوشته ميرزاي نائيني ميباشد كه آخوند خراساني تقريظي مفاخره آميز بر اين كتاب دارد. در زمان بحث عملي نمودن اصل دوم متتم قانون اساسي ميرزاي نائيني به عنوان يكي از فقهاي جامع شرايط به مجلس معرفي شد. شايعه پشيماني نائيني از سياست اصل درستي ندارد و نائيني تا آخر زندگاني اهل سياست بود. مرحوم نائيني در زمينه علم اصول هم صاحب مكتب مستقل است. او عاقبت در 1355 ق در نجف فوت كرد و سيد ابوالحسن اصفهاني بر جنازه اش نماز گذارد.
1- سيد ابوالحسن اصفهاني
آيت الله سيد ابوالحسن اصفهاني از مديسه اصفهان برخاست و در نجف حدود دو دهه نزد آخوند خراساني به علم آموزي پرداخت.او از اركان دروس آخوند خراساني و جزو هيئت استفتاي آخوند نيز مي باشد. سيد تنها مجتهدي بود كه از بين 7 نفر معرفي شده از حوزه نجف توانست جزو طراز اولهاي مجلس انتخاب شود. بعد از فوت مشكوك آخوند خراساني، خاندان آخوند اطراف سيد ابوالحسن را گرفته و از او پشتيباني كردند. سيد هم در جاي استاد فقيد نشسته و حتي در قبال كمك هاي طيف مقابل راضي به قبول نشده و لذا مدتي را در خرابه هاي اطراف نجف و مدتي هم در كوفه زيست. تا اينكه آهسته آهسته مرجعيت شيعه در وي تعين پيدا كرد و با رحلت ميرزاي نائيني در نجف و شيخ عبدالكريم در قم؛ مرجعيت تامه شيعه به وي رسيد.دوران مرجعيت وي با مرجعيت ميرزاي شيرازي و دهه آخر مرجعيت آيت الله بروجردي قابل مقايسه است. سيد در 1365 ق در نجف رحلت نموده و در حجره استادش آخوند خراساني مدفون شد.
3-شيخ عبدالله گلپايگاني
نام آيت الله شيخ عبدالله گلپايگاني هر چند در حوزه هاي فعلي شيعه نامي آشنا نيست ولي در زمان مرحوم آخوند خراساني در حوزه با عظمت و حيرت زاي ايشان نام شيخ عبدالله گلپايگاني در طليعه تلاميذ زبده قرار داشته است.آيت الله بروجردي نقل مي كند وقتي ما به نجف رفتيم اول شاگرد حوزه پر عظمت آخوند، مرحوم شيخ عبدالله بود. گلپايگاني به مانند نائيني در زمان آخوند خراساني حوزه تدريس خارج داشته اند.رابطه و محبت بين آخوند خراساني و مرحوم گلپايگاني در حد اعلا بود. در زماني كه شيخ عبدالله مازندراني و آخوند خراساني بيست مجتهد را به مجلس شورا معرفي كردند شيخ عبدالله گلپايگاني هم در بين آنها قرار داشت. اما مدتي بعد شيخ عبدالله به صورت ناگهاني در گذشت. آخوند خراساني از اين قضيه بسيار ناراحت شد و به احترام او سه روز مجلس درس را تعطيل كرد؛ در حالي كه چند سال قبل همسر، عروس و نوه آخوند خراساني در يك روز وفات مي كنند ولي آخوند همان روز هم دروسش را تعطيل نكرد. از آقا جمال گلپايگاني نقل است كه روزي ديدم شيخ عبدالله عباي نوي پوشيده (و شيخ عبدالله انسان فقيري بود). از او پرسيدم اين عبا از كجاست؟ گفت آخوند خراساني برايم فرستاده و فرموده: اين عبا براي اين است كه مرا از يكي از مبناهايم برگرداندي. التبر المسكوك و فصل القضا دو كتاب مهم گلپايگاني است. شيخ عبدالله هم بحث آقا ضياء عراقي است و وفات او يك سال قبل از رحلت آخوند خراساني و در سن 43 سالگي اتفاق افتاد.
2- سيد علي آقا قاضي
آيت الله سيد علي آقا قاضي طباطبايي به يك خاندان علمي بسيار مشهور منتسب است. پدر او از هم دوره اي هاي آخوند خراساني مي باشد. قاضي نيز كه از عرفاي بزرگ روزگار است مدتها نزد آخوند خراساني به تحصيل علم و دانش پرداخت. مرحوم قاضي اگر چه به عنوان عرفان مشهور گشته است ولي در علوم رسمي هم اعجوبه و نابغه اي بزرگ بوده است. داستان ها و حكايات متعدد در مورد كرامات وي به حد تواتر نقل شده است. از شاگردان مشهور ايشان مي توان به علامه طباطبايي، هاتف قوچاني و آيت الله بهجت اشاره كرد. سيد در سال 1366 در نجف اشرف فوت كرده و در وادي السلام دفن شد.
3- سيد حسين بروجردي
آيت الله بروجردي در اصفهان به درجه اجتهاد رسيد ولي آوازه اساتيد نجف بخصوص آيت الله آخوند خراساني او را روانه نجف كرد تا دهه آخر زندگاني خراساني را درك كند. آيت الله بروجردي از همان اوايل حضور در حوزه درسي مرحوم آخوند نظر استاد را جلب كرد و اين¬گونه بود كه آخوند هنگام تدريس اگر اشكالي از جانب آيت الله بروجردي مطرح نمي شد رو به سوي ايشان كرده و مي فرمود: اشكالي به نظر آقا نمي رسد؟ حتي وقتي كه بروجردي اضطرار مجبور به ترك نجف مي شود آخوند خراساني در نامه اي به پدر ايشان مي نگارد اگر دو نفر شاگرد برگزيده داشته باشم يكي سيد حسين است.اين مطلب وقتي اهميت مي يابد كه بدانيم صدها مجتهد مسلّم در درس آخوند شركت مي جسته اند. بروجردي مدتي پس از بازگشت به ايران عزم بازگشت به نجف و استفاده از درس محقق خراساني را دارد كه خبر رحلت اسفبار آخوند به او مي رسد. مرحوم بروجردي در شيوه تدريس تمايل به شيوه استادش داشت و در زمينه وحدت بين مسلمين هم از خراساني غير متاثر نيست. از جهات مشروطه خواهي هم اگر چه در زمان مشروطه در حوادث دخالت نمي كرد و به اصطلاح از اتفاقات بركنار بود ولي هيچ گاه زحمات طاقت فرساي آخوند در راه آزادي ايران از يوغ استبداد شاهي را فراموش نمي كرد و مي¬فرمود آخوند خود را فداي اسلام و مسلمين كرد ، ولي افكار بلند استادم آخوند را معاصرينش در نيافتند.
4- سيد محمود شاهرودي
آيت الله سيد محمود شاهرودي از مشاهير علماي برخاسته از شاهرود در تمام طول تاريخ اين خطه عالم خيز  مي باشد. او اگر چه در سال 1301 ق متولد شد ولي توانست تقريبا دو سال از محضر آخوند خراساني استفاده علمي ببرد. از ايشان نقل است كه در حوزه درس آخوند در زماني كه ما بوديم بيش از 400 مجتهد مسلّم حاضر بودند. سيد محمود سپس از خصيصين ميرزاي نائيني شد و ميرزا كه براي تاييد اجتهاد غير شاگردانش تاييد دو نفر را مي خواست تاييد و شهادت شاهرودي را به تنهايي معدل دو تاييد ميگرفت. لذا سيد محمود به ذو الشهادتين مشهور شده است. مرحوم شاهرودي از مبارزان عليه ديكتاوري ايران و عراق بود و از دوستان نزديك امام خميني در عراق محسوب مي شود. او به استثناي سيد احمد خونساري و چند عالم كمتر بنام ديگر، از باقيمانده هاي شاگردان آخوند بود كه مرجع بودند. عاقبت برگهاي درخت زندگاني او در اواخر تابستان 1353ش گرفتار خزان شد.
7- شيخ آقابزرگ تهراني
علامه شيخ آقا بزرگ تهراني از پركارترين مولفان و در زمره مفاخر شيعه است. الذريعه و طبقات اعلام الشيعه در 45 جلد دو اثر رشك انگيز و ماندني او محسوب مي شوند. تهراني در سنين جواني به نجف اشرف رفته و سالها در درس علماي آن ديار از جمله آخوند خراساني به علم آموزي مي پردازد. در قضاياي مشروطه جانب استاد را گرفته و به اشاره آخوند كتابي را نيز در اين راه ترجمه مي كند. گزارش رحلت آخوند خراساني به قلم آقابزرگ در نقباء البشر از سوزناك ترين گزارش هاي رجالي شيخ است. گويي كه در تاسف بر فقدان پدر معنوي اش از نوك قلم او خون مي چكد.
8- سيد ابوالقاسم كاشاني
آيت الله سيد ابوالقاسم كاشاني به مانند پدرش ازشاگردان مرحوم آخوند خراساني مي باشد. سيد ابوالقاسم سالها در نجف به تحصيل علم پرداخت و به درجه اجتهاد رسيد. او از سياسي ترين علماي شيعه در قرن اخير است و در نهضت هاي اصلاحي عصر دائما حضور داشته است. هر چند برجسته ترين نقش سياسي ايشان زعامت ديني نهضت ملي شدن صنعت نفت است و تا وقتي كه ايشان حضور داشتند نهضت موفق بود. با ظهور خودرأيي هاي دكتر مصدق نهضت راه قهقرا پيمود و شد آنچه شد."استظهار به ملت" مصدق هم كاري از پيش نبرد و مصدق محاكمه؛ و كاشاني معزول شد.مرحوم كاشاني چند سال پس از كودتاي 28 مرداد در قيد حيات بود و بعدها در تهران درگذشت.او حتي در اين اواخر هم هيچ گاه به طور كلي از سياست كناره نگرفت و ديانت را با سياست ممزوج مي دانست.
9- شرف الدين عاملي
علامه سيد عبدالحسين شرف الدين عاملي از مصلحين و مجاهدان بزرگ مذهب در قرن اخير است. او آنقدر به درس آخوند خراساني مشتاق بود كه تا زمان ترك نجف حتي يك جلسه از دروس فقه و اصول آخوند را ترك نگفت.گاهي هم كه برخي مطالب درس بر وي دشوار مي آمد آن را پس از درس از سيد محمد صادق خاتون آبادي(جد مادري شهيد بهشتي) و يا از خود مرحوم آخوند مي پرسيد.
قسمتي از اجازه آخوند به ايشان . در عيدالزهراي1321ق: السيد عبدالحسين شرف الدين...مجتهد مطلق وعدل موثق...وجب عليه العمل برايه‏السديد، فليمتثل المؤمنون امره ونهيه، وليرجعوا اليه،فانه حجة عليهم.
 شرف الدين را در ايران بيشتر با دو تاليفش "المراجعات" و "النص و الاجتهاد" مي شناسند.
10- شيخ محمد علي شاه آبادي
آيت الله شيخ محمد علي شاه آبادي ¬در اصفهان متولد شد.تحصيلات خود را در ايران و عراق پي گرفت و به درجه اجتهاد در معقول و منقول نائل آمد. در نجف سالياني به درس مرحوم آخوند خراساني حاضر گشت و به حدي به آخوند علاقه داشت كه در شرحي كه بر كفايه استادش نوشته موقع ذكر نام آخوند عبارت"روحي فداه" را براي او به كار مي برد. درباره كفايه هم اين¬گونه عقيده داشته كه هر كسي از فهم اين كتاب بر نمي آيد. لذا برخي كه اشكال بر كفايه مي كردند مي فرمود نگو اشكال. بگو نفهميدم.
11- سيد محمد پيغمبر خامنه اي
آيت الله سيد محمد پيغمبر خامنه اي (عموي رهبر معظم انقلاب) فرزند سيد حسين تفرشي از علماي مجاهد عصر خود در ايران و آذربايجان است. سيد محمد رابطه مستحكمي با آخوند داشت و در مبارزات مشروطه خواهي طرفدار طيف خراساني بود.پس از رحلت آخوند از ملازمين نزديك سيد ابوالحسن بود.او چندين سال در تهران و تبريز سكونت داشت و در مدت اقامتش در تبريز در نهضت مشروطه مشاركت كرده و به همراه شوهر خواهرش شهيد شيخ محمد خياباني در اين نهضت مواضع شجاعانه و دليرانه اي داشت. خياباني در آن مقطع زماني رهبري نهضت مشروطه را در تبريز به عهده داشت.او بعدها به نجف بازگشت و در سال 1353 ق رحلت نموده و در وادي السلام مدفون شد.
12- سيد عبدالله بهبهاني
آيت الله سيد عبدالله بهبهاني از مشاهير علماي عصر خويش در تهران بود . مرحوم بهبهاني در هنگام مشروطه شدن حكومت و شكستن اطلاق سلطنت، از رهبران اصلي نهضت محسوب مي شد و از او به همراه دوستش آيت الله سيد محمد طباطبايي تعبير به "سيدين سندين" مي شود. سيد عبدالله به مانند پسرش سيد محمد از شاگردان آخوند خراساني است . او در زمان مشروطه دوم در 1328 ق در تهران به شهادت رسيد و اين حادثه عكس العمل هايي از جانب آخوند خراساني و ملا عبدالله مازندراني را در پي داشت.پيكر سيد در نجف دفن است.
13- علامه كاشف الغطا
علامه شيخ محمد حسين آل كاشف الغطاء در سال 1294 ق . در محله عماره نجف ديده به جهان گشود.چه بسا با طيب نفس بتوان او را مهم ترين دانشمند برخاسته از خاندان عريض و طويل شيخ جعفر كاشف الغطا دانست.محمد حسين از مشاهير شاگردان آخوند خراساني و از سياسي ترين آنهاست. او اگر چه در جنبش مشروطه طرفدار مشروطه نيست و به تصريح خودش در كتاب "عقود حياتي" جزو بي طرفان است ولي در عمل مقداري متمايل به ضد مشروطه خواهي است.در عين حال زندگاني اين اعجوبه مملو از حوادث سياسي است و او را به حق بايد از مفاخر شيعه دانست.كاشف الغطا از آن دسته شاگردان محقق خراساني است كه نزديك به دو دهه در درس آخوند شركت داشته است.اگر بخواهيم از هر جنبه اي چند تن معدود از شاگردان آخوند خراساني را نسبت به خصائص خراساني برگزينيم مرحوم كاشف الغطا از لحاظ اصلاح طلبي و انديشه اتحاد اسلامي از برجسته ترين شاگرد مصلح خراساني است. براي معر في ايشان  در سال 1433 ق كنگره باشكوهي به ياد و نام او در حد بين المللي در قم برگزار خواهد شد.
.

15-  شيخ محمد جواد بلاغي
علامه شيخ محمد جواد بلاغي از مفاخر شيعه در عتبات عراق از محضر علماي دين از جمله ميرزاي شيرازي دوم و آقا رضا همداني و امام خراساني شاگردي و تلمذ نمود.در حوادث سياسي در كنار ميرزاي شيرازي بر ضد خباثت انگليس مبارزه مي كرد و در عرصه اجتماعيات هم به جد ساعي بود.اما شهرت عالم گير او به عنوان يك مدافه مذهب  است. او با زحمت فراوان زبانهاي اغيار را فرا گرفته و مستدلا به رد اديان غير اسلامي و مذاهب غير شيعي پرداخت. تاليفات مشهور ايشان الهدي الي دين المصطفي(ص)، الرحله المدرسيه و تفسير نفيس –و لي بالاسف ناتمام- آلاء الرحمن است.كنگره آبرومندي اخيرا توسط حوزه علميه قم به ياد او برگزار شد.